MIT 6.874 Conférence 6. Site Web du cours de printemps 2020: Diapositives de la conférence: Conférencier: Manolis Kellis Aperçu de la conférence: 1. Bases biologiques: Les bases de la régulation génique – Régulation génique: diversité cellulaire, épigénomique, facteurs de régulation (TF), motifs, effets de la maladie- détection de la régulation génique: TFs / histone: ChIP-seq, accessibilité: DNase / ATAC-seq 2. Méthodes classiques de régulation de la génomique et de la découverte de motifs basées sur la découverte enrichie de motifs: Maximisation des attentes, expérience d’échantillonnage de Gibbs: PBM, SELEX. Génomique comparative: conservation évolutive. 3. Regulatory Genomics CNN (Convolutional Neural Network): Idée clé de base: Pixel == DNA Letters. Patch / filtre == motif. Plus haut == Filtre de convolution d’apprentissage combiné == Découverte de sujets.Appliquez-les == correspondance de sujets 4. Génomique réglementaire CNN / RNN en pratique: architecture diversifiée-DeepBind: sujets d’apprentissage, utilisés dans des couches (peu profondes) entièrement connectées pour produire des effets de mutation-DeepSea: prédire directement les effets de mutation Modèle d’entraînement supérieur-Besset: Multi -task prédiction DNase pour plus de 164 types de cellules, réutilisation / apprentissage des motifs-ChromPuter: prédiction multi-tâches pour différents TF, réutilisation des motifs partenaires-DeepLIFT: interprétation de modèle basée sur les caractéristiques d’activation des neurones DanQ: réseau neuronal récurrent pour l’analyse séquentielle des données